Une fois en possession des données nécessaires au calcul des indicateurs, qu’elles proviennent des revues documentaires ou des entretiens/ enquêtes, se suit le dépouillement et le traitement. Le traitement des données est d’autant plus facile que la conception des formulaires est meilleure.Les statisticiens des directions préfectorales reçoivent tous les rapports,formulaires remplis au cours d’une période donnée. Ils assurent l’essentiel du traitement en regroupant les données pour leur préfectorale respective puis tansmettent au niveau régional qui à son tour établi une statistique pour la région avant de transmettre au niveau central où le service du système national d’information sanitaire (SNIS) compile les données pour l’établissement de l’annuaire statistique et d’autres rapports nationaux.
Il est aussi possible d’effectuer sans peine à la main les calculs et le traitement ou on peut aussi utiliser un ordinateur et une application de tableur pour entrer les données, les traiter et produire les rapports. Un programme (Excel sous Windows) est le plus souvent utilisé pour le traitement et l’analyse des données.
La méthode de calcul de l’indicateur dépend du type de renseignements nécessaires pour le numérateur et le dénominateur.
L’analyse des données fait référence à la capacité de transformer une donnée en information sanitaire.
En général, les structures de santé analysent les données recueillies en comparant les tendances de couvertures (utilisation des services, couverture adéquate ou effective) dans le temps à travers des représentations graphiques si possible, ou en calculant le taux pour certains indicateurs (taux de complétude du PMA des CS, taux de césariennes, mortalité, …) et plus rarement la comparaison de leur performance avec les objectifs attendus par la Direction Sanitaire.